Первые следы существования человеческого общества на территории современной Эстонии относятся к первобытнообщинному строю. Стоянки охотников и рыболовов обнаружены на берегу р. Пярну в Пулли, около г. Кунда, у г. Нарва, на берегах оз. Выртсъярв (8-4-е тыс. до н. э.); Акали, Ягала, Нарва и др. (3-2-е тыс. до н. э.). В начале 2-го тыс. н. э. появились крупные городища: Отепя, Варбола, Вальяла и др.
С 1-й половины 1-го тыс. до н. э. создавались укрепленные поселения: Асва, Иру, Ридала.
Дальнейшее развитие человеческого общества и увеличение населения вынуждало людей расселяться по территориям пригодным для земледелия и скотоводства. Поселения людей располагались в удобном месте с точки зрения охраны и транспорта, прежде всего это реки и побережья морей, возвышенности или какие-нибудь рельефные особенности. По мере увеличения численности люди образовывали поселения вдоль основных транспортных путей.
Первые письменные упоминания о поселениях людей на территории современного Силламяэ относится к 1502 году, когда в летописи упоминается придорожная корчма Tor Вruggen.
Эти земли, в силу своего географического положения, неоднократно были причиной войн между государствами. Во время Северной войны (1700-1721гг) Россия отвоевала у Швеции эти земли. До сих пор восточнее Силламяэ можно увидеть укрепления тех времен - "Шведский вал".
В 1700 году здесь были построены мост через реку и мельница. Некоторое время земли входили в состав поместья Вайвара, из которого впоследствии выделилось полупоместье Силламяги. Живописные места на берегу Финского залива, река, дорога, все это превратило Силламяги в небольшой курортный поселок. В Силламяэ в разные годы отдыхали: >>>>>>
В 1848 году в Силламяги проживало до 40 человек, летом за счет отдыхающих возрастая до 400. Полностью отдельным хозяйством оно стало в 1849 году.
Во время Первой мировой войны, в этих местах происходили жестокие сражения. Укрепления из бетона и камня, большое колличество береговых артиллерийских батарей - остатки этих сооружений до сих пор окружают Силламяэ со всех сторон. Последующая Гражданская война тоже оставила свой кровавый след на этих местах. Именно здесь от Нарвы до Кивиыли была уничтожена Северо-Западная армия генерала Николая Юденича.
Силламяги до 1917 года принадлежало баронессе Штакельберг. Ее имение находилось на улице Горной в Тюрсамяэ.
В дальнейшем Силламяги постепенно превращается из курортного в промышленный поселок. В 1928 году здесь построен завод по переработке горючего сланца, (месторождение расположено рядом с Силламяэ - в посёлке Вийвиконна) электростанция и небольшой порт. До 1940 года завод принадлежал фирме "Кренкель-Рамен", на нем работало от 300 до 400 человек, продукция - горючие и смазочные масла. Позднее на базе этого завода было создано сланцеперерабатываещее предприятие имени В. Кингисеппа.
К 1940 году количество жителей в Силламяги достигло 2600.